L'endometriosi può originarsi da cellule staminali mülleriane o non mülleriane, comprese quelle dello strato basale endometriale, resti di Müllerian, midollo osseo o peritoneo. L'innata capacità delle cellule staminali endometriali di rigenerarsi ciclicamente sembra svolgere un ruolo chiave, così come le vie ormonali disregolamentate. La presenza di tali cellule nella cavità peritoneale e ciò che porta allo sviluppo dell'endometriosi è un processo complesso con un gran numero di fattori interconnessi, potenzialmente sia ereditati che acquisiti. La predisposizione genetica è complessa e correlata all'azione combinata di diversi geni con un'influenza limitata. I meccanismi epigenetici controllano molti dei processi coinvolti nelle aberrazioni immunologiche, immunoistochimiche, istologiche e biologiche che caratterizzano l'endometrio eutopico ed ectopico nei pazienti affetti. Tuttavia, ciò che innesca tali alterazioni non è chiaro e può essere sia geneticamente che epigeneticamente ereditato, o può essere acquisito dalla particolare combinazione di diversi elementi come il reflusso mestruale peritoneale persistente e fattori esogeni.

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