L'endometrioma ovarico (OMA), l'endometriosi peritoneale superficiale (SPE) e l'endometriosi infiltrante profonda (DIE) sono, fino ad ora, riconosciuti come fenotipi principali. La discussione è sapere se condividono gli stessi meccanismi patogenetici.   Le attuali conoscenze indicano che la funzione ormonale (recettori per estrogeni e progesterone) e fattori immunologici, come i macrofagi peritoneali, le cellule natural killer e i linfociti, sono alterati in modo critico nella DIE. al momento attuale, molte delle caratteristiche patogenetiche DIE risultano specifiche rispetto ad altri fenotipi di endometriosi, supplicando l'esistenza di un'entità specifica.

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